Die Farblichttherapie basiert auf der Annahme, dass Farben eine therapeutische Eigenschaft haben. So soll z.B. gelb stimulierend und aufheiternd, blau entspannend, beruhigend, kühlend und hemmend wirken. Mit dem Licht, das die Wellenlänge der gewünschten Farbe hat, sollen die entsprechenden Eigenschaften übertragbar sein, um beispielsweise günstige Eigenschaften auf den Körper zu übertragen bzw. schädliche Eigenschaften zu löschen oder zu unterdrücken.
Auch wird Organen und ihren Erkrankungen eine bestimmte Farbe zugeordnet. Hierbei soll eine Kombination verschiedener Farben ebenfalls möglich sein.